1986國家科技進步一等獎。

1993獲美國舊金山東華醫院榮譽獎和陳家庚醫藥科學獎。

1994獲全軍科技重大貢獻獎;獲全國“僑界十杰”榮譽稱號;獲何梁何利醫學基金獎、何梁何利基金科學與技術進步獎。

1996被中央軍委授予“模范醫學專家”榮譽稱號。

2004榮獲全國高等醫藥教材特殊貢獻獎和國際肝膽胰協會杰出成就金獎。

2006榮獲2005年度國家最高科技技術獎。

2009全軍踐行當代革命軍人核心價值觀十大新聞人物;新中國成立后國防和軍隊建設作出重大貢獻.具有重大影響的百名先進模范人物。

2010軍隊醫學科技重大成果特別貢獻獎。

2011經國際天文學聯合會小天體命名委員會批準,第17606號行星命名為“吳孟超星”;“感動中國”十大年度人物感動中國人物;獲“全國優秀共產黨員”榮譽稱號。